Development of Autoencoder Based Models for High Accuracy Nuclear Segmentation in Fluorescent Microscope Systems

Mikroskobik sistemlerde doku veya hücre numunelerinde nükleer morfoloji biyolojik belirteçler gibi bölümleri görselleştirmek için hematoksilen ve eozin (Hematoxylin and eosin - H&E) histolojik boyamalar, immünohistokimyasal (immunohistovhemical IHC) immünofloresan (immunofluorescence IF) boyama yaklaşımları geliştirilmiştir. H&E IHC boyamalar ile karşılaştırıldığında, IF boyamaların sayısala aktarılması uzmanlar daha zorlu zaman alıcı olmaktadır. Fakat, yaklaşımlarında fazla hücresel altı belirteç görüntülenebilmektedir. Floresan mikroskoplardan elde edilmiş segmentasyonunun yüksek doğrulukla otomatik gerçekleştirilmesi yaklaşımlarındaki hücreler hakkında bilgi edilmesini sağlamaktadır. Literatürde diğer mikroskobik sistemlerden görüntülerde segmentasyonu birçok çalışma geliştirilmiş doğruluklu sonuçlar edilmiştir. Fakat alanlarda gerçekleştirilen bu başarı, floresan görüntülerdeki edilmemiştir. Bu kapsamda, çalışmada mikroskop sistemlerinde kodlayıcı modelleri geliştirilmektedir. Geliştirilen modellerinin analizi uzman kişiler tarafından işaretlenmiş, görüntülerinden oluşan veri seti kullanılarak gerçekleştirilmektedir. Çalışmada kullanılan performans değerlendirme prosedürleri açısından, başarılarının segmentasyon tatmin edici olduğu açıkça görülmektedir.